出口树苗运输工具主要是指用于载运人员、货物、物品进出境，在国际间运营的各种境内外船舶、车辆、飞机等。
果树苗出口或是花卉苗出口各个国家要求比较严格，首先，花卉生产企业要根据与客户签订的供货合同,果树苗出口前在确定发货品种和数量后进行组货,委托具有进出口权的代理公司(以下简称发货人)进行检验检疫、报关等方面的操作。
果树苗出口具体程序如下:
果树苗出口外汇核销 根据国家外汇管理的有关规定,出具有一定信誉的出口代理公司,首先向外管局领取外汇核销单,并根据果树苗品种、数量、单价、销售外汇总额进行填写外汇核销单,发货人在一定时间内进行外汇核销,迟在领取下一批外汇核销单之前,进行外汇核销。如果出口花卉公司遭到果苗破损、质量不符,遭外汇拒付,将直接影响外汇核销单的操作。
果树苗出口退税 国家鼓励出口,对出口企业所缴纳的增值税给予退还,发货人需把出口报关单,已经外汇核销的外汇核销单,增值税发票、出口专用缴款书、出口发票等单证交给税局申请退税,目前花卉公司退税是征3退5。
果树苗出口出口报验 树苗出口应提前1天～2天向当地出入境检验检疫局进行报验,并提供准确的数量、件数、毛重、净重等资料,由检验检疫局专门培训的报检员填写报检单后,向检验检疫局检务处进行报验。检疫处派检疫人员进行检疫验货后,出具通关单、检疫证,再由检疫处将这些单证转到检务处。报检人员要先交费,再取证。整个报检时间快需0.5天～2天完成。
航空舱位的确定 出口代理公司在报检的同时,必须马上向航空公司或航空货运代理公司进行出口舱位的确定,并提供发货数量、重量、件数、包装规格等。
出口报关 发货人根据发货日期,在出货前0.5天～1天,凭检疫证、通关单、发票装箱单、出口外汇核销单等有关证据,到海关大楼报关厅报关。若出口兰花科花卉,还需提供濒危植物保护证。
果树苗出口发运 在取得以上所有证件后,组织果树苗产品,并在航班起飞前的若干小时(具体看机场的规定),到机场办理进仓、发货。
在果树苗的空运航班起飞之后就可以出空运提单了，收货人凭此提单操作目的国清关手续。